东大设计院实行董事会领导下的院长负责制，按照简洁高效的原则配置组织机构，形成院、室两级治理结构，主要由矿山、氧化铝、电解铝、炭素、镁钛、环保、设备、窑炉、电力、自动控制、民用建筑、工业建筑、结构、技术经济、工程经济、总图、给排水、热工和暖通等专业组成。